クラスカル・ウォリスで検定して、主効果が有意ならそのあとボンフェローニかホルムで調整して、2群ごとのノンパラ検定で問題ないと思います。多重比較のロジックは、一般的な分散分析のものと同じで大丈夫です（修正シェイファー法も使えます）。