特別支援学校と高等学校では科目が違うので単位習得証明書自体にはあまり意味をもちませんが、高校としては提出してほしいということだと思いますので、発行できるならしてもらったほうがいいです。もし、単位習得証明書が発行できない場合でしたら、出願時に事情を伝える必要があります。