ざっくりいえば、前者は特定のサンプルサイズでどれくらい誤差がでてOKかについての指標（逆に言えば信頼区間と同じ）で、標準誤差は特定のサンプルサイズで真値から平均的にどれくらいズレるかを意味する指標です。