別に労働した部分を時間外手当を支払えば、36協定があるのならば、特に問題はありません。 もしも、それで、時間外手当もしくは休日割増賃金が支払われていないのなら、終わっている組織だと思います。 圧がかかろうがどうしようが、払うものを払っていないことが問題です。払っていたら特に労働法律上の問題がある可能性は少なくなります。