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BCS理論でボゴリューボフ準粒子を導入すると、フェルミレベルの上下に2つバンドができると思いますが、あれはどう解釈しているのでしょうか?
基底状態は下側のバンドが全部詰まっていて、有限温度では上側のバンドに詰められるようになるとか?

その通りです あれは準粒子バンドで基本的にはギャップの小さい半導体と考え方は一緒です 半導体との違いはフェルミエネルギー付近の電子がクーパー対を組んで超伝導性をだしてるとこです(クーパー対はバンド表示では見えません)

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