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mixed effect model, GEE, sample sizeとか検索してでてきませんか? ただし、高いレベル雑誌に載るような研究であっても、そこまで厳密に計算していないかもしれません。経時データの解析を例で考えると、時点間の相関や時点ごとの推定値、ばらつきなど、考えないといけないことや知らないといけない情報が多いからだと思います。シンプルに、最も比較したい時点のベースラインからの変化の情報をベースに(追加できるなら情報を追加して)計算すれば良いと思います。そうすると、線形回帰に基づくサンプルサイズの計算になるので、モンテカルロでシミュレーションできるのではないでしょうか。
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