冷却能力だけで言うと3連ファン、取扱のしやすさで2連ファンという考えで大丈夫です。 ケースにギリギリの取り付けとのことなので、ケース内部のエアフローを3連ファンが遮ってしまうようなら2連ファンの方がPCにとってよいかもしれません。