筋肉痛というのは、筋肉のダメージ回復時のイオン反応の一部だという認識です。 筋肉の回復に多少のエネルギー消費は発生すると思いますが、相当微量なのではないかと推測しています。 また、ご質問にある、通常の状態と、筋肉痛状態での消費カロリー差という点でいうと、現実には、筋肉痛状態では多少運動パフォーマンスが落ちてしまうと思うので、もし仮に筋肉痛状態で多少のカロリー消費が発生していたとしても、実際の消費カロリー的にはあまり変わらないのではないでしょうか？と思います。 なので、フレッシュな状態で運動し、刺激→回復→刺激のサイクルを一定のリズムで行うのがベストだと考えています。