特に不利になることはありません。 むしろ、既習外国語には優3割規定が適用されないというメリットがあります。 ただし、質問者の方が差し替えor全英受験の場合、初習の授業を取ることもできます。その方が結果として成績が高くなる、ということはあるかもしれません。