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いまいちよく分かっていませんが、水晶の表面はケイ素に刺さった水酸基(Si-OH)がむき出しになっていて、ここの水素は外れやすくなっています。なのでH+として外れて、代わりに地殻に多く含まれる鉄イオンがくっつくと、表面はSi-O-Feみたいな感じになるので、酸化鉄に覆われていると言ってもまあ許されるか〜ぐらいの構造になってるんだと思います。
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