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モット絶縁体って、電子間相互作用がつよいからバンド理論の予想とは裏腹に、上部ハバードバンドと下部ハバードバンドに分かれると説明されますよね
ここで上部・下部ハバードバンドを考えて、電子を低エネルギーから詰めていくのって、結局バンド理論に戻ってきてることにならないんですか?

その通りです つまりバンド理論が成り立たない、というよりバンド理論に修正が必要ってことです

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