神社さんでは生理中に特に控えなければならないとは、ありません。 調べたり聞いたりしたところ、生理でひかえると、巫女さんはどうなるのかといったことになるようです。拝殿でのご祈祷などは控えたほうがいいようですが、お参りには地域差もありますが時に禁じることは無いようです。お寺さんのほうがその点では厳しいはずですが、現代はそこまで厳しくは言わないようです。（他国では厳しく言うところもあるようなので、他国の場合は調べてください） 親族の方が亡くなった時は、しばらく神社さんは控えてください。お寺さんは大丈夫です。