ご質問ありがとうございます。EDTAは金属イオンを錯体として捕獲することで、金属が酸化反応を触媒しないようにしていると考えられます。 従って、フリーのチオールにおいては、チオール同士がジスルフィド結合を形成してしまわないように、添加されていると理解しています。 なので、どちらもあったほうが良いかとは思いますが、抜いてもOKな場合も多く、ケースバイケース（チオールの空間的な近さ、Bufferの含有金属量、酸素の溶解度etc）かなと思います。