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在学証明書は家で保管でいいのでしょうか?

はい.使わないのでしたら保管しておきましょう. 証明書発券機で1枚200円で発行できますので必要(保護者と離れて暮らしていて,家族の保健証を使用する機会がある場合など,ほかにどんなな状況で要るのかわからないですが)に応じて提出することになるかとおもいます.