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前期で合格した教科の単位(例えば12)は全体のうちの12をとれた、ということで良いのでしょうか、それとも後期の教科も合格しないと前期の12単位も履修したことにはならないのでしょうか

はい.その例でいくと,全体のうち12(数字で言えば卒業要件124単位の約1割)を取得したということになります. 例外的にスポーツ実技などの通年の科目は1年間で評価されます. 学生が前期の内容を後期にすっかり忘れていても,「出した単位を返せー!」とは言えない….