似た質問は以前も受けたことがあります。序列については、タイトルホルダーや永世称号者等についてはかなり厳密な印象ですが、同じ段位について「定義」とまで呼べる決めがあるとは思っておりません。曖昧さを好む将棋界らしいところかもしれません。 前者は、たとえば連盟ＨＰ・将棋年鑑の棋士紹介掲載順でそのような表示がされています。 ただ実際の対局における席次は後者（つまり棋士番号基準）で運用されています。個人的にも後者のほうが分かりやすくて良いと思いますし、それが自然な形だと多くの棋士も感じていると思います。 最近の自分の対局を例に取ると、たとえば先日佐藤和俊七段と指したときは下座でした。もし、規定では逆ですよと言われると、ちょっと違和感がありそうです。