おお～よく気付きましたね。答えは「He-4の相対質量は4より大きいから」です（なので「質量数と存在比で決まる」というのが実は間違っていて、正しくは「相対質量と存在比で」決まります）。 原子の質量を表す相対原子質量は「C-12の原子質量を12としたとき他の原子質量は相対的にいくつですか」というやつですが、これをHe-4にやると相対原子質量4.0026になります（He-3の天然での存在比が極めて小さいので、ほぼ原子量と同じ値になっています）。なんで陽子と中性子の数が1/3になったのに相対原子質量は1/3より大きくなるんだという話になるんですが、これには「質量欠損」という現象が関与しています。平易な解説が世にあふれてると思うので説明を省きますが、簡単に言うと、C-12の原子核はHe-4の原子核3個よりも軽いです。